深圳市宝安区环境保护局是区政府主管环境保护的工作部门。内设局办公室、计财科、环保审批科、环境监督科、水资源科、河道堤防和水土保持科6个部门，下属机构包括深圳市宝安区环保和水政监察大队、深圳市宝安区水环境保护办公室、深圳市宝安区排水管理处和派出各街道的10个环境保护管理所、一个代管机构和9事业单位。 内设机构
办公室
承担文电、会务、机要、档案、信息、保密、信访、督办、接待、政务公开和重要文稿起草等工作；承担党务、纪检、监察、机构编制、人事、社会保险、工青妇、计划生育、离退休人员服务等工作。 计财科
