高棉猪笼草是由克洛维斯（Clovis Thorel）在1862年至1866年间在Ti-tinh、卢绍（Lo-thieu），Guia-Toan，越南等地首次发现的。在此期间，克洛维斯收集了高棉猪笼草的模式标本，编号为Thorel 1032。这些标本选择的是一棵带有下位笼的雄株和一棵带上位笼的雌株。现存放于巴黎的 法国国家自然历史博物馆（the Museum National d'Histoire Naturelle）内。
1909年，法国植物学家保罗·亨利·勒孔特（Paul Henri Lecomte）在他的专著（Notulae systematicae）中正式命名了高棉猪笼草。1979年，宋（Leo C. Song）发现了Nepenthes thorelii f. rubra并发表在食虫植物通讯（the CarnivorousPlantNewsletter）中。
