百子莲科只有一属——百子莲属(Agapanthus L'Hér.)约十几种,原生于南非,作为观赏花卉被各地引种,都叫做百子莲,多年生草本。此属植物在克朗奎斯特分类法中被分入百合科,有的分类法将其分入石蒜科在1998年根据基因亲缘关系分类的APG分类法将其单独类为一个科,属于天门冬目,2003年经过修订的APG II分类法认为百子莲科可以选择和葱科及石蒜科合并。 分类
雷顿(Leighton)在1965年发表的文献里,将百子莲属分类为下列十个种:百子莲、铃花百子莲、具茎百子莲、蔻第百子莲、德拉肯斯堡百子莲、早花百子莲、康普顿百子莲、戴尔百子莲、垂花百子莲、瓦许百子莲。宗纳维尔与邓肯(Zonneveld and Duncan)在2003年发表的研究 报告里,将上述十种百子莲属植物重新分类,只留下最前面的六个种(百子莲~早花百子莲),而将其余的四个种(康普顿百子莲~瓦许百子莲)改分类为亚种或同种异名。 先前的分类系统将百子莲属分类为石蒜科或葱科的一个属,最近则有人认为应将百子莲属分类为百子莲科的一个属,而百子莲科内只有百子莲属一个属。