对角线电泳是双向电泳的一种特例。双向电泳将蛋白质样品点在凝胶的一个端点，走过电泳以后进行某种特殊处理，转过90°再进行第二次电泳。若两次电泳的缓冲液、电压等条件都一致，则此双向电泳即为对角线电泳。 理论介绍
目前其主要作用是膜蛋白的分离鉴定，确定二硫键和蛋白质复合物的研究 对角线电泳最经典的用途当属二硫键的确定：
样品蛋白质经硫氧还蛋白处理后，利用荧光巯[qiú]基探针标记巯基，目标蛋白会带上荧光探针。再进行对角线电泳时，如果发现目标蛋白存在分子内二硫键，则经处理后所得的点位于对角线的上方；如果目标蛋白存在分子间二硫键，则经处理后得到的点位于对角线的下方。 