基因重复(英语:Gene duplication)是指含有基因的DNA片段发生重复,可能因同源重组作用出错而发生,或是因为反转录转座(retrotransposition)与整个染色体发生重复所导致。这些基因的复制品通常可幸免于选择压力,也就是说,这类突变在生物体中一般无负面的影响。不过也因为带了更多基因需要拷贝,过程中发生出错突变的速度高于有功能的单一版本基因。基因重复在演化过程中扮演重要角色,近百年中受到科学界中许多成员的支持。大野干在1970年的著作《基因重复造成的演化》(Evolution by gene duplication)中发展了这个理论。复制基因在植物尤其重要,因为在植物中,无论是单基因,粒线体,或全基因体,复制是推动其全基因体演化的主要力量。