Clustal

Clustal
image
Clustal是一款广泛使用的生物信息学计算机程序，用于多重序列比对。Clustal系列包括多种版本，随着算法的发展，这些工具的名称也随之变化。Clustal工具及其算法在各自类别中都有详细分析。在侧边栏中列出的操作系统并非所有Clustal工具的完全支持，但Clustal Omega具有最多的操作系统支持。

软件简介

Clustal系列软件是生物信息学中用于多序列比对的重要工具。它可以用来发现特征序列，进行蛋白分类，证明序列间的同源性，帮助预测新序列的二级结构与三级结构，确定PCR引物，以及在分子进化分析方面均有很大帮助。Clustal包括ClustalX和ClustalW（前者是图形化界面版本，后者是命令界面），是生物信息学常用的多序列比对工具。
Clustal系列软件的历史始于1988年，由Des Higgins创建了最初的Clustal程序。随后，ClustalV、ClustalW、ClustalX、Clustal2和Clustal Omega等版本相继发布，每个版本都在算法的准确性、效率和用户界面上进行了改进。Clustal Omega是Clustal家族的最新补充，提供了显著增长的可扩展性，使数以十万计的序列能够在几个小时内排列，并且支持多处理器使用。此外，从流行的衡量基准角度看，其质量比以前的版本有巨大的改善。
Clustal软件的所有变体都使用一种渐进构建多序列比对的启发式方法。这种方法通过整体分析序列，然后利用UPGMA/Neighbor-joining方法生成距离矩阵，从矩阵中的序列得分计算引导树，然后逐渐根据相似性顺序对序列进行比对，从而生成多序列比对。Clustal通过三个主要步骤创建多序列比对：使用渐进比对方法进行成对比对、创建引导树（或使用用户定义的树）、使用引导树进行多序列比对。