上海交通大学体育系成立于1986年，为交大直属系之一。经过多年的建设，已经形成了拳操、小球、田径、大球等四个教研室，1998年建立了交大体育科研所（含图书资料室），2002年成立了“上海交大学生体质健康检测中心”和“上海交通大学国际乒乓球交流中心”。 历史沿革
上海交通大学建校一百多年以来，始终重视体育教育，源远流长，薪火传承。进入21世纪，围绕建设世界一流大学的历史性目标，借鉴国内外一流大学的行进理念，坚持“健康第一”和“终身体育”的教育思想，体育课程改革创新取得丰硕成果，得到了教育部和上海市教委的高度评价，发挥了体育在人才培养中的特殊功能。 2001年获国家优秀教学成果奖，2002年获国家优秀教材奖，2004年“大学体育”被评为国家精品课程，2008年获国家级教学团队，先后3次荣获“全国群众体育先进集体”。连续5次蝉联全国高校体育“十佳校长杯”，在2006年全国学校体育工作会议上大会介绍经验，并以教育部文件专题把交大经验呈送中央政治局。体育系主任孙麒麟教授2004年被评为宝钢基金“全国优秀教师特等奖”，2006年被评为全国教学名师。2009年入选国家社科基金评委。