1994年,费尔南多·莱昂·德·阿拉诺亚开始了自己的编剧生涯,为喜剧电影《¡Por fin solos!》撰写剧本。紧接着在1995年,他执导了个人首部短片《Sirenas》,并在1996年执导了自己的首部电影《家庭》。1998年,他担任纪录片《街区》的导演,并因此获得第46届圣塞巴斯蒂安国际电影节最佳导演银贝壳奖以及第13届西班牙戈雅奖最佳导演奖和最佳原创剧本奖。2002年,他执导的喜剧电影《阳光下的星期一》赢得了第17届西班牙戈雅奖最佳导演奖。2005年,他的剧情电影《公主》入围第22届圣丹斯电影节世界剧情片竞赛单元评审团大奖。2010年,他执导了剧情电影《阿玛尔多》。
2015年,费尔南多·莱昂·德·阿拉诺亚执导的战争喜剧电影《美好的一天》获得第30届西班牙戈雅奖最佳改编剧本奖,并提名最佳导演奖。2016年,他担任纪录片《Política, manual de instrucciones》的导演。2017年,他执导的传记犯罪电影《