北京联合大学台湾研究院的前身是1989年5月成立的北京联合大学文法学院台湾研究室和2000年12月成立的北京联合大学台湾研究所。20世纪80年代,随着两岸关系的逐渐开放,台湾问题研究渐渐成为学术界研究的热点。 1989年5月,北京联合大学文法学院台湾研究室成立,徐博东任研究室主任。 20世纪90年代中叶,随着校内学院的整合,台湾研究室划归应用文理学院。
20世纪90年代,经过艰辛的努力,徐博东教授在台湾问题研究方面取得了突出的成就,在海峡两岸受到普遍关注。在校领导的支持下,2000年12月3日,应用文理学院台湾研究室升格为北京联合大学台湾研究所。 2004年2月10日,台湾研究所从应用文理学院迁址到校本部。