系统发育,又称系统发展,是指某一类群的形成和发展过程。这一概念涵盖了大至植物界的整体演化,小至特定类群的发展史。系统发育学的研究对象是进化关系,通过对进化关系的推断或评估,构建出反映同一谱系演化的分支图,即进化树。[1][2]
建树方法
系统发育的建树方法通常基于一个预先设定的进化模型。然而,由于物种间的杂交及遗传物质交换等因素,这一假设有时会被推翻。在这种情况下,多数系统发育方法可能会得出错误的结果。此外,系统发育方法中的一些固有模型可能导致额外的假设,如序列的准确性、同源性和比对位点的同源性等。 计算机多重比对
计算机多重比对在系统发育分析中扮演着重要角色。[3]尽管有人主张完全依靠计算机程序进行比对,但也有人强调手工比对的重要性,因为目前的比对算法和程序尚未能充分满足系统发育分析的需求。