会津藩的领地最初长时间属于芦名氏统领，传了十几代家督。1384年的时候芦名直盛建东黑川馆，这个也就是会津藩的鹤ケ城的前身。战国时期的芦名盛氏将其改筑为黑川城，玩过野望系列的玩家应该对这座城有些印象吧。战国末期芦名家内部家臣多次出现动荡局面，1589年，芦名义广的一万六千军与伊达政宗的二万三千人在摺上原展开激战，最后导致了芦名家的灭亡，伊达政宗从此领有此地。 变迁
秀吉的小田原讨伐战，伊达政宗在几经考虑后最后加入了丰臣方，但是在战后秀吉以迟到为由，将伊达转封至米泽，而把会津、白河、石川、岩瀬[lài]、安达总共四十二万石的领地给了浦生氏乡。在平定了一揆[kuí]以及九户政实的反乱之后，氏乡的领地增加到了九十一万九千余石。后来氏乡病死，其长子秀行继任家督，但是没有多久就被转封到宇都宫，上杉景胜以一百二十万石大封，转封会津。关原合战后，上杉家被减封，迁移到米泽。而秀行再度回到会津，领有六十万石。秀行病死后长子忠乡继任，忠乡病死后，因为无嗣，领地被幕府没收了，曾经是践岳七本枪之一的加藤嘉明成为后继者。1631年，加藤嘉明亡故，长子明成继任，后因为家中出现骚动，因此领地奉还给了幕府。 随后，德川氏亲藩秀忠四男保科正之由出羽最上转封至此，从此藩主家才算是安定下来了。会津可以说是防范奥羽诸多外样大名的前线，因而亲藩配置于此显得极为重要。此后的会津藩共有九代藩主，多是幕府的栋梁。会津藩作为幕府的柱石，是仅次于越前松平家的大大名。而在幕末时期，藩主松平容保更是可以说是悲剧性的藩主，司马辽太郎亦曾有过小说《王城的护卫者》。