1578年,马蒂亚斯受叛变省份的州总司令的邀请来到尼德兰,并被邀请担任总督一职。1576年,马蒂亚斯在雷根斯堡帝国大厦与荷兰各省特使戈蒂埃·冯·德格拉赫特(Gautier von der Gracht)取得了联系。阿肖特公爵菲利普三世和一个相当温和的政党的其他代表同意马蒂亚斯,违背他的舅舅西班牙的费利佩二世的意愿,在鲁道夫二世皇帝不知情的情况下,任命他为尼德兰总督。尽管这一职位没有得到费利佩二世的承认,但是马蒂亚斯还是接受了任命。他制定了大部分省份的宗教和平规则。马蒂亚斯继续担任叛军的名义总督,直到他们罢黜费利佩二世并于1581年宣布完全独立,在这一时间点上,他回到了奥地利。