邓东皋于1978年至1981年、1982年至1984年两度出任中共北京大学数学系党总支书记。1984年开始任北京大学数学教授,1985年开始任基础数学专业博士生导师。1991年调中山大学任教。曾任北京大学数学系主任,中山大学数学系主任,中山大学信息科学与技术学院院长,中山大学数学与计算科学学院院长,韶关大学兼任校长,全国数学天元基金学术领导小组成员,国家基金委学科评议组成员,教育部数学力学教学指导委员会委员,全国高等数学教学指导组副组长,广东省数学会理事长,国际英文版数学杂志《Approximation Theory and its Applications》副主编。2007年10月21日11时20分在广州因病逝世。