按照《重庆市机构改革方案》要求，重庆组建市生态环境局。将原重庆市环境保护局的职责，以及重庆市发展和改革委员会的应对气候变化和减排职责，重庆市国土资源和房屋管理局的监督防止地下水污染职责，重庆市水利局的编制水功能区划、排污口设置管理、流域水环境保护职责，重庆市农业委员会的监督指导农业面源污染治理职责等整合，组建重庆市生态环境局，作为重庆市政府组成部门。不再保留市环境保护局。 2018年10月23日，重庆市生态环境局正式挂牌亮相。
主要职责
一、负责贯彻执行国家生态环境基本制度。负责贯彻执行生态环境法律法规、规章、标准和方针政策，起草生态环境地方性法规、政府规章草案，根据职责和授权拟订有关法规的实施细则和规范性文件，组织拟订地方生态环境标准和技术规范。会同有关部门拟订生态环境政策、规划并组织实施。会同有关部门编制并监督实施重点区域、流域、饮用水水源地生态环境规划和水功能区划。 二、负责重大生态环境问题的统筹协调和监督管理。建立健全突发生态环境事件的应急预警机制。牵头协调重特大环境污染事故和生态破坏事件的调查处理，指导协调区县（自治县）政府对较大及以上突发生态环境事件的应急、预警工作。牵头指导和实施生态环境损害赔偿制度，协调解决有关跨区域的环境污染纠纷。统筹协调重点区域、流域生态环境保护工作。 