乔纳森·戴顿的导演生涯始于1989年,当时他执导了个人首部短片《Paula Abdul: Straight Up》。此后,他与杰姆·科恩联合执导了剧情电影《Nightswimming》(1995年)。戴顿还曾执导过多个摇滚乐队的音乐视频,包括绿洲和碎南瓜。2003年,他执导了纪录片《红辣椒乐队MV精选》,并在2004年担任纪录片《Weezer: Video Capture Device - Treasures from the Vault 1991-2002》的导演。2006年,他与维莱莉·法瑞斯联合执导的家庭喜剧电影《阳光小美女》获得了广泛赞誉,并入围第19届东京国际电影节主竞赛单元-东京电影节大奖。戴顿凭借该片获得了第60届英国电影学院奖大卫·林恩导演奖和第19届东京国际电影节主竞赛单元-最佳导演奖。2012年,他与法瑞斯联合执导了爱情喜剧电影《恋恋书中人》。2017年,他们共同执导了传记喜剧电影《性别之战》。2019年,戴顿与法瑞斯联合执导了电视剧《悦纳新自我》。