埃姆登的确切建城日期不详,但已知至少从8世纪就已存在。城市特权和城市徽章“墙上的小天使”(Engelke up de Muer)由皇帝马克西米利安一世于1495年授予。16世纪,埃姆登在奥尔登堡的安娜伯爵夫人统治下,短暂成为新教改革的重要中心,与日内瓦和维滕贝格齐名。1542年,安娜伯爵夫人邀请波兰贵族约翰·拉斯基(Johannes a Lasco)成为埃姆登一座新教教堂的牧师,他在东弗里斯兰地区传播新宗教达七年之久。16世纪末,埃姆登因西班牙对佛兰德和布拉班特港口的封锁而成为北海上最重要的中转港口,吸引了大量新教难民。1595年,埃姆登革命导致埃姆登成为一个独立的城邦。