近交衰退产生的原因是近交增加了有害等位基因纯合几率，导致个体适应能力下降，同时这也是近亲交配产生致病基因的原因之一。种群变小是导致近交衰退的主要原因，在实际研究中发现近交衰退并非一定明显表现出来，这可能有以下几个主要的原因遗传负荷的淘汰、在较好的环境下近交衰退会表现不明显、并非能在所有性状中检测到近交衰退、近交衰退只出现在某些发育阶段和不同家系、种群、个体中的近交衰退程度不同。这提示我们近交衰退与生态及遗传密切相关。 概念介绍
近交衰退：有亲缘关系的亲本进行交配，可使原本是杂交繁殖的生物增加纯合性，从而提高基因的稳定性，但往往伴同出现后代减少、后代弱小或后代不育的现象.
近交衰退发生的原因是多方面的，从遗传学的角度解释主要有两点：
有害的隐性基因的暴露。一般病态的突变基因绝大多数都是隐性的，处于杂合状态时是不表现出病态或不利的性状。这些有害基因的作用可被显性的杂合子等位基因所掩盖，经过一段近亲繁殖，纯合的基因（纯合子）比例渐渐增多，于是有害的隐性基因相遇成为纯合子而显出作用，出现了不利的性状，对个体的生长发育、生活和生育等产生明显的不利影响。例如杂种动物所带有的不育的隐性基因往往被其显性的等位基因所掩盖，而不表达其不育的性状，但由于纯育，动物的纯合性逐渐增高，不育的现象也就表现出来了。