根据中共中央、国务院批准的北京市人民政府机构改革方案和《北京市人民政府关于机构设置的通知》（京政发〔2009〕2号），设立北京市中医管理局（副局级，简称市中医局）。市中医局是负责本市中医工作的市政府部门管理机构。
主要职责
(一)贯彻落实国家关于中医药、中西医结合以及民族医药方面的法律、法规、规章和政策，起草本市相关地方性法规草案、政府规章草案，并组织实施。
(二)统筹协调本市中医药资源配置，拟订中医药发展总体规划和目标，参与拟订中药产业促进政策。
(三)继承和发展中医药文化，承担保护濒临消亡的中医诊疗技术和中药生产加工技术的责任，组织开展对中医药、民族医药资源的开发、挖掘、整理和保护工作。