AMBER力场
AMBER力场
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AMBER力场是一种广泛应用于生物大分子模拟计算的分子力场，由加州大学旧金山分校的Peter Kollman课题组开发。AMBER力场最初专为计算蛋白质和核酸体系而设计，其力场参数数据均来自实验值。随着AMBER力场的广泛应用，包括Kollman在内的多个课题组对其进行了丰富的研究，逐渐发展出了一个可用于生物大分子、有机小分子和高分子模拟计算的力场体系。
AMBER力场的优势在于对生物大分子的计算，但在计算小分子体系时，其结果常常不能令人满意。AMBER力场的势能函数形式较为简单，所需参数不多，计算量较小，这是其一大特色。力场中，键长伸缩能和键角弯转能由谐振子模型计算，二面角扭转能由傅立叶级数描述，范德华力由Lennard-Jones势模拟，静电相互作用由库仑公式描述。
然而，这种简单的形式也在一定程度上限制了AMBER力场的扩展性。目前，许多主流计算软件包已应用AMBER力场，包括Kollman课题组开发的AMBER软件，以及Insight II、Sybyl、Cerius2、MOE和HyperChem等。Leap:用于准备分子系坐标和参数文件，有两个应用程序：xleap:X-windows版本的leap，带GUI图形界面。tleap:文本界面的Leap。Antechamber:用于生成少见小分子力学参数文件。Sander:MD数据产生程序，即MD模拟程序，被称为AMBER的大脑程序。Ptraj:MD模拟轨迹分析程序。