阿瑙托维奇2008年开始为奥地利国家队效力，为球队出战106次打进34球（截至2022年12月1日），出场次数排名队史第一，进球数排名队史第二。[8][9][10] 阿瑙托维奇是个脾气暴躁的球员，职业生涯中多次卷入争议事件，包括种族歧视、训练迟到、侮辱警察等。[11][12][13][14][15] 2023年8月17日，国米租借34岁的博洛尼亚前锋阿瑙托维奇，含买断条款，一定条件下强制买断，阿瑙时隔13年重回国米。阿瑙托维奇转会费总价1000万欧元。[3]2024年6月-7月，马尔科·阿瑙托维奇随奥地利队征战2024年欧洲杯，奥地利队最终止步16强。[16][17][18]