帕纳约蒂斯·扬纳基斯从希腊的伊奥尼科斯·尼凯亚斯(Ionikos Nikaias)俱乐部开启职业生涯。[3]1982年NBA选秀大会,扬纳基斯在第九轮总第205顺位被波士顿凯尔特人队选中,但他没有代表凯尔特人打过正式的NBA比赛。[1][4]1984年到1993年期间,扬纳基斯帮助希腊篮球甲级联赛阿里斯俱乐部夺得7次冠军。1987年,扬纳基斯代表希腊国家男子篮球队获得欧洲篮球锦标赛冠军。[5]1993年,扬纳基斯获得欧洲杯冠军,同年,转会到希腊帕尼奥尼奥斯俱乐部。1994年,扬纳基斯转会到帕纳辛奈科斯俱乐部。1996年,扬纳基斯帮助帕纳辛纳科斯队赢得欧冠冠军。[6]1996年,扬纳基斯宣布退役。[4] 1976年,帕纳约蒂斯·扬纳基斯代表希腊国家青少年男子篮球队夺得国际篮联欧洲16岁以下锦标赛银牌。1987年,扬纳基斯代表希腊国家男子篮球队获得欧洲篮球锦标赛冠军。1989年欧洲篮球锦标赛,扬纳基斯带领希腊男篮夺得银牌。[5][6] 1997年,帕纳约蒂斯·扬纳基斯成为希腊国家男子篮球队主教练。[5]2005年,扬纳基斯以教练身份带领希腊男篮获得欧洲篮球锦标赛冠军,他也成为史上首个以球员与教练身份拿到欧锦赛冠军的人。2006年篮球世锦赛,扬纳基斯带领希腊男篮获得银牌。2006年斯坦科维奇杯赛,扬纳基斯率领希腊男篮夺得金牌。2008年2月3日,扬纳基斯被评选为欧洲篮球联赛50大贡献者之一。[2]2013年,扬纳基斯成为中国男篮主教练。[7]
2021年4月,扬纳基斯入选2021年国际篮联名人堂。[8]2022年,扬纳基斯入选希腊篮球名人堂。[9]