马新贻于清道光二十七年(公元1847年)考中进士,任安徽建平、合肥知县,因平定太平军有功,升任庐州知府,记道员,后升任按察使、布政使。在安徽期间,马新贻不但军功累累,而且颇有政绩。同治三年(公元1864年),马新贻升任浙江巡抚,致力于经济恢复和地方治安管理,主持减漕减浮、废除苛捐杂税;修筑海宁石塘、绍兴东塘,疏通三江口;派兵清缴岐海盗匪;恢复各府书院;赈济严州、绍兴水灾;安定南田;会同江苏巡抚郭柏荫扫清枪船之害,不久升任闽浙总督。同治七年(公元1868年)八月,马新贻调任两江总督,兼通商大臣,亲选营兵屯戍江宁;裁撤宿迁旱关、怀远分关,只由水关收税;捉捕