鞭毛菌亚门（Mastigomycotina）是真菌界的一个亚门，因其无性生殖、产生具鞭毛的游动孢子而得名。与接合菌亚门一样，鞭毛菌亚门的菌丝无隔膜，因此两者长期被合并在一起，统称为藻状菌。然而，自20世纪60年代以来，鞭毛菌亚门和接合菌亚门因其无性生殖产生能动的游动孢子、有性生殖形成卵孢子或休眠孢子囊，与接合菌亚门产生的不能动的孢囊孢子和接合孢子有本质的区别，因而被分为两个独立的亚门。 内容简介
20世纪60年代以来，因本亚门真菌无性生殖产生能动的游动孢子、有性生殖形成卵孢子或休眠孢子囊，与接合菌亚门产生的不能动的孢囊孢子和接合孢子有本质的区别，因而被分为两个独立的亚门。 鞭毛为一毛状细胞器，包括 2套中心纤丝和围绕在周围的9套纤丝，所以称9+2鞭毛。鞭毛分茸鞭和尾鞭两型：茸鞭主轴两侧生小茸毛；尾鞭平滑无茸毛，顶部短而细软。游动时茸鞭向前，尾鞭向后（见纤毛、鞭毛）。 鞭毛菌大多习居水中，仅少数两栖或陆生。腐生、寄生和专性寄生均有。能寄生于藻类、蕨类、种子植物、昆虫、鱼类以及其他真菌上。霜霉和白锈菌为害多种经济植物，疫霉和腐霉为害许多栽培植物，水霉为害鱼苗和鱼卵，而雕蚀菌则侵染蚊蚴，串胞壶菌杀灭线虫。