该片讲述了江南女侠吕四娘为报家仇的过程中，被南少林的方世玉追捕，没想到两人间却迸发了爱情的火花。随后，两人一起被卷入南少林宝藏的一场阴谋之中，于是两人一起寻宝、护宝的故事。[4][2] 《南少林三十六房》根据清代民间传说改编而成，[5]是《南少林》的续集，[6]于2006年在中国大陆首播。[1] 剧情简介
故事开始于南少林寺，深夜一名宫女在一名太医的掩护下，偷袭了雍正（张铁林 饰）的寝宫，使其雍正暴死。人头被盗走，下葬时用一颗金头代替。乾隆（李楠 饰）继位后，立即多方秘密追查刺杀雍正之人。南少林寺的三十六房住持刘仁宣受方丈之命给皇上送密函，途中遭袭身亡。当年 康熙帝将缴获倭寇的宝藏藏在南少林中，刘仁宣是受皇上之命将宝藏部分清单送往京城。