清顺治十八年(1660年),罗马教廷传信部在中国推行宗座代牧制,从澳门教区分设南京宗座代牧区(Apostolic Vicariate of Nanking),将代牧的任命权从葡萄牙手中变相收回。康熙十五年(1676年),教皇克雷芒十 世任命中国籍传教士罗文藻担任宗座代牧。他是历史上第一位中国籍主教,也是1926年以前惟一的一位中国籍主教。 1690年,为安抚葡萄牙,罗马教廷决定,将北京、南京两个代牧区提升成为教区,属葡萄牙派人管理,这标志着南京教区(Diocese of Nanking)的正式成立。当时南京教区管理江苏、安徽和河南等地。