长江航务管理局隶属于交通运输部，是遵照国务院国发198350号文件精神，根据政企分开、港航分管的原则，在原长江航运管理局的基础上于1984年组建的，2002年，中编办《关于交通部长江航务管理局主要职责和人员编制的批复》（中编办复字20027号）明确对长江干线航运行使政府行业管理职能。 2009年，随国家大部制改革，经国务院批准定名为交通运输部长江航务管理局。[1]
主要职责
（一）贯彻国家水路交通行业发展战略、方针政策和法规，组织或参与长江干线航运有关规章草案的拟定工作，按法定程序批准后负责监督实施；拟定长江干线航运发展战略，组织编制长江干线航运中长期规划和五年规划，报交通运输部批准后监督实施。 （二）负责长江干线航运行政管理。负责长江干线航运市场宏观调控和秩序监督管理；规范长江干线水运建设市场，维护平等竞争秩序；负责长江干线港航设施建设和使用岸线布局的行业管理；组织长江干线国家重点物资和紧急物资运输；协助军事物资运输；负责长江干线水运规费稽征。