南京市教育局是南京市人民政府工作部门，为正局级；中共南京市委教育工作委员会（以下简称“市委教育工委”）与市教育局合署办公，实行一套工作机构、两个机关名称。 根据《中共中央关于深化党和国家机构改革的决定》（中发〔2018〕9号）、《中共江苏省委关于市县机构改革的总体意见》（苏发〔2018〕32号）和《省委办公厅、省政府办公厅关于印发〈南京市机构改革方案〉的通知》（苏办〔2019〕1号），市教育局（市委教育工委）负责贯彻落实中央关于教育工作的方针政策和省委、市委的决策部署，在履行职责过程中坚持和加强党对全市教育工作的集中统一领导。
职能调整
中共南京市委教育工作领导小组秘书组设在市委教育工委，接受市委教育工作领导小组的直接领导，承担市委教育工作领导小组的具体工作，组织研究教育领域党的建设和思想政治建设政策措施、教育发展战略规划、重大改革方案，协调督促落实市委教育工作领导小组决定事项、工作部署和要求等。市教育局（市委教育工委）的内设机构根据工作需要承担市委教育工作领导小组秘书组相关工作，接受市委教育工作领导小组秘书组的统筹协调。
行政编制