中心的前身是1952年建立的“少年之家”，1956年在彭真同志亲切关怀下成立北京市少年宫，1957年成立北京市青少年科技馆、北京教学植物园；2000年北京市少年宫和北京市青少年科技馆合并，成立北京学生活动管理中心；2013年初，北京市少年宫新宫落成；4月，在整合原北京学生活动管理中心和北京教学植物园的基础上，重新组建北京学生活动管理中心；12月，从皇家园林寿皇殿古建筑群搬迁至风景秀丽的龙潭湖畔。
中心承担着北京地区学生活动策划组织管理工作；面向全市未成年人开展校外教育活动；负责本市校外教育的教科研工作；负责本市植物与环境教育实验基地建设。占地面积14.42万平方米，建 筑面积4.92万平方米，艺术、科技、体育和环境教育设施设备齐全。中心内设机构14个；有教职工185人，有博士、硕士研究生学历的28人，有高级职称的35人，特级教师2人，市级骨干教师2人。著名儿童教育家、故事爷爷孙敬修，第26届、27届、28届兵乓球世界锦标赛男子单打冠军庄则栋曾在中心执教。 机构设置
教务处：美术书法部、表演艺术部、科技培训部、体育培训部、艺术团队管理部、校外教育研究室、办公室、总务处、活动策划部、学科培训部、星火百乐思科技开发中心。