霍尔出生于纽约布鲁克林,其父是美联社记者,在华盛顿特区工作,母亲是一名教师。霍尔的童年和青年时期就是在那儿的市郊度过。他的父亲 Joseph W. Hall影响他极深,并鼓励他阅读报纸上的近期事件。他在中学时代成绩不错,但并非特异。1963年进入阿默斯特学院 Amherst College ,本打算学医,后发现他的兴趣在生物学。为了获得正式研究经验,师从一位果蝇遗传学家菲利普·艾夫斯 Philip Ives。艾夫斯教导霍尔要爱这些小生物,他 在其下花了一年做分析影响果蝇重组和诱导染色体易位的化学诱变剂的实验,认识到自己对基础生物学更感兴趣。实验的结果不错,1967年他被推荐进入西雅图华盛顿大学继续果蝇遗传学的研究。