里奥阿查地区长期以来由瓦尤文化的美洲印第安人居住,这是更大的阿拉瓦克族群的一部分。第一个访问该地区的欧洲人是西班牙航海家阿隆索·德·奥赫达,他在1498年到达但未登陆。不久之后,另一位西班牙探险家胡安·德·拉·科萨在今天被称为Cabo de la Vela(帆之角,因其形状而得名)的地方登 陆。1535年,德国探险家尼古劳斯·费德曼在德·拉·科萨登陆的地方建立了一个名为Nuestra Señora Santa Maria de los Remedios del Cabo de la Vela(帆之角的圣母玛利亚救世主)的城市。
西班牙人在城市周边地区发现了大量的珍珠。这些宝藏经常吸引海盗的袭击。在城市被海盗袭击摧毁后,城市政府将城市迁移到了Ranchería河口,以迷惑海盗,并给城市重建争取时间以应对下一次攻击。新城市被命名为Nuestra Señora de los Remedios del Río de la Hacha(斧头河的圣母救世主),在新位置 平静地扩张了一段时间。海盗的袭击很快又恢复了。下一次重大袭击是由英国私掠船长弗朗西斯·德雷克在1569年领导的,当时德雷克洗劫了这座城市,寻找黄金和珍珠。