复旦大学肝癌研究所由复旦大学附属中山医院肝肿瘤内科、肝肿瘤外科组成，组建于1968年。前身是1968年设立的上海第一医学院中山医院肿瘤小组，1969年正式成立中山医院肝肿瘤小组，并设病房。 1978年改名为中山医院肝癌研究室，开始分为病房和实验室两个部分。其后不断发展壮大，1988年改名为上海医科大学肝癌研究所，隶属上海医科大学。2000年校合并后，改名为上海医科大学肝癌研究所。 基本内容
肝癌研究所是我国最主要的两个肝癌防治研究中心之一，为国家级重点学科（肿瘤学）、上海市肝肿瘤临床医学中心、上海市医学领先专业（肝脏肿瘤学）以及上海医科大学“211工程”建设项目重点学科（肿瘤学）、上海医科大学“985工程”重中之重学科。 临床特色是肝癌早期诊断和早期治疗、不能切除肝癌的缩小后切除。近年又相继开展了肝癌术后复发的手术再切除、冷冻、微波、超声介入、以及生物治疗等特色项目。自1995年开始以"肝癌术后复发转移的防治研究"为重点的临床综合 治疗研究，探索肝癌术后复发的综合防治方案，进一步延长肝癌病人的生存期，改善预后。已积累近4000例肝癌诊疗经验，最早开展小肝癌诊治、复发后再切除和不能切除肝癌的缩小后切除，5年生存率达60－70%，迄今所治肝癌病人生存超过5年有368例，生存10年以上有112例，生存最长已达38年1例，居国际领先水平。