从西汉至清代，南门峡镇一带隶属于安夷、西都、鄯[shàn]城、大通等县。2001年3月19日，撤乡改南门峡镇。截至2018年末，南门峡镇户籍人口为19573人。2019年，南门峡镇下辖1个社区、14个行政村，人民政府驻什字集镇。 南门峡镇粮食作物以小麦、青稞为主；畜牧业以饲养生猪、牛、羊、家禽为主。2018年，南门峡镇有工业企业3个，有营业面积超过50平方米以上的综合商店或超市7个。 行政区划
全镇有1个居委会、14个村委会，52个自然村。居住以汉族为主，还有藏、土、蒙、回五种民族，其中少数民族占全镇人口的30.8%。总辖面积265.29平方公里。辖南门峡居委会；却藏寺、磨尔沟、大老虎沟、祁家庄、西坡、麻其、七塔尔、东沟、尕[gǎ]寺加、西山根、峡口、北沟脑、古边、卷槽14个村委会。 