重庆医科大学于1990年7月获生物医学工程硕士学位授予权，2002年3月成立重庆医科大学生物医学工程系，于2011年5月正式更名为重庆医科大学生物医学工程学院。 2003年8月获生物医学工程博士学位授予权（一级学科，自主设置了6个二级学科），生物医学工程学科是重庆医科大学获得的第一个一级学科博士点。学院现有五年制生物医学工程专业（医疗器械方向）本科专业，依托产学研用平台，学院重视学生创新能力和综合素质培养，学生毕业后在医工结合的交叉领域从事医疗设备的使用、维护和管理工作。现已经形成了生物医学工程”本科—硕士—博士—博士后“完整的人才培养体系。 学院先后获重庆市十一五、十二五重点学科、十三五双一流学科。本学科在2012年全国第三轮学科评估结果中排名并列12位（参评高校36所），在医学类院校排名第一。 2019年获生物医学工程专业国家级一流本科专业建设点。现实行学院、超声医学工程研究所、省部共建国家重点实验室等一体化管理。 专业设置
现设置有七年制临床医学专业（微无创方向）【此专业自2012年起正式由物理医学方向更改为微无创方向】、五年制医学影像学专业（物理医学医师方向）【此专业自2009年以后便不再招生】、五年制生物医学工程专业（医疗器械方向）本科专业。已经形成了物理医学医师本科—硕士—博士—博士后和生物医学工程本科—硕士—博士—博士后完整的人才培养体系。 