故事剧情接承《拳皇XI》，署名为“R”的拳皇大会再次召开。而随着遥远彼之地这一神秘存在的出现，阿修·克里门森的谜团亦逐渐揭开。 在经历过《拳皇XII》的铸造后，该作将前作的系统完全更新，导入了EX必杀技，NEOMAX2超必杀技等新系统，在手感上更接近传统拳皇系列作品。 背景设定
拳皇XI中，祸忌先是被草薙[tì]京、八神庵合力击败，又被紫苑投出的长枪所贯穿后失掉其生命，紫苑则消失于次元的裂缝。但是余下的一族们像嘲笑一般夺走了由哈迪伦所率领的调查部队的努力成果，现身于其面前。他们所说的遥远彼之地是什么？为何要执着的要寻求大蛇之力呢？