国家出入境检验检疫局于1998年在国务院机构改革中组建。由原来的中国商品检验局（简称商检），中华人民共和国卫生检疫局（简称卫检），中国动植物检疫局（简称动植检）三个机构组建而成。[1]
主要职能
（1）研究拟定有关出入境卫生检疫、动植物检疫及进出口商品检验法律、法规和政策规定的实施细则、办法及工作规程 ，督促检查出入境检验检疫机构贯彻执行。 （2）组织实施出入境检验检疫、鉴定和监督管理；负责国家实行进口许可制度的民用商品入境验证管理；组织进出口商品检验检疫的前期监督和后续管理。 （3）组织实施出入境卫生检疫、传染病监测和卫生监督；组织实施出入境动植物检疫和监督管理；负责进出口食品卫生、质量的检验、监督和管理工作。