第一个被发现的化石,是个臀部的肠骨,是在1904年出土于美国怀俄明州兰德市近郊,属于波波阿吉组(Popo Agie Formation)地层。三年后,古生物学家J. H. Lees研究这个化石,认为这肠骨是属于古喙龙的一种(Paleorhinus bransoni)。在1915年, 古生物学家M. G. Mehl研究更多发现于相同地层的化石,包含:脊椎、臀部、四肢骨头,并建立为新属,模式种是纤细波波龙(P. gracilis)。他将之前发现的肠骨(编号UR 358),改归类于波波龙。由于肠骨不同于植龙目、臀部有更多节愈合荐椎,M. G. Mehl并没有将波波龙归类于植龙目。他将波波龙、长臂鳄互相比较,认为两者应该是相同动物;长臂鳄的化石也被发现于怀俄明州的三叠纪地层,化石只有一些牙齿、一个肱骨、部分胸带,命名时间较早。M. G. Mehl也发现,波波龙与兽脚类恐龙有数个相似处,例如后肢骨头中空、臀部关节深,但也发现波波龙的每节荐椎连接一对肋骨,而兽脚类恐龙的每节荐椎连接多对肋骨,因此也不认为波波龙是属于恐龙。