伊卡地区长期以来一直有不同文化的土著人居住。在附近的沙漠中发现了史前土著文明的证据,如帕拉卡斯文明和钦查文化的发祥地。其他文化包括奇查文明和印加文明,后者从14世纪开始统治这一地区。西班牙征服者赫罗尼莫·路易斯·德·卡夫雷拉于1563年6月17日建立了这座城市,最初命名为瓦尔韦德别墅(Villa de Valverde)。在秘鲁1821年获得独立之前,它一直由西班牙殖民统治者统治。2007年8月15日,秘鲁海岸发生了8.0级地震,严重破坏了伊卡的建筑、房屋和基础设施,造成了重大的生命损失和财产损毁。