菌丝（英文：hypha）是指多细胞真菌在适宜的条件下，由孢子长出芽管，芽管延长为丝状或管状，且可分枝或分隔的结构。菌丝生长而分枝，相互交织而成菌丝体。[1][2] 菌丝一般分为无隔菌丝和有隔菌丝两类，其中无隔菌丝即管状细丝无横隔膜，内含多个细胞核，低等真菌的菌丝都是无隔菌丝；有隔菌丝即菌丝被许多横隔膜将其分隔成多个细胞，每个细胞具1至多个细胞核，所有的高等真菌都是由有隔菌丝组成的。菌丝又可呈特殊的形状如螺旋状、球拍状、梳状及结节状等。菌丝的形态与结构是鉴别真菌的要点之一。[2][3] 简介
菌丝一般分为两类，一为无隔菌丝，即菌丝没有横隔壁，可视为一个单细胞，具有多个细胞核，如低等真菌中的根霉、毛霉、水霉等的菌丝。另一类是有隔菌丝，即菌丝具很多横隔壁，将其分隔成多个细胞，每个细胞中有1个、2个或多个细胞核。如高等真菌中的青霉、曲霉、蘑菇等的菌丝。 放线菌或真菌组成其菌丝体的基本单位。放线菌的菌丝细胞纤细、无隔、分枝。真菌的菌丝较粗、有分枝，其中少数无隔、多核，如鞭毛菌亚门和接合菌亚门的低等真菌；多数有隔、单核或少核，如子囊菌亚门、半知菌亚门和担子菌亚门的高等真菌。菌丝通过顶端生长而延伸，通过侧生而分枝。埋入基质中以吸取营养为主的菌丝称营养菌丝，有的种类还可分化成假根、吸器等构造；伸展在空间的菌丝称气生菌丝，成熟后可分化成各种形式的产孢子构造，如放线菌的孢子丝或真菌中的子实体。菌丝具有无性繁殖功能，可用于接种、扩大。