分子标记的概念有广义和狭义之分。广义的分子标记是指可遗传的并可检测的DNA序列或蛋白质。狭义分子标记是指能反映生物个体或种群间基因组中某种差异的特异性DNA片段。分子标记（Molecular Markers），是以个体间遗传物质内核苷酸序列变异为基础的遗传标记，是DNA水平遗传多态性的直接的反映。分子标记用于遗传图谱构建是遗传学领域的重大进展之一。分子标记广泛存在于基因组的各个区域，通过对随机分布于整个基因组的分子标记的多态性进行比较，就能够全面评估研究对象的多样性，并揭示其遗传本质。 概念
与其他几种遗传标记——形态学标记、生物化学标记、细胞学标记相比，DNA分子标记具有的优越性有：大多数分子标记为共显性，对隐性的性状的选择十分便利；基因组变异极其丰富，分子标记的数量几乎是无限的；在生物发育的不同阶段，不同组织的DNA都可用于标记分析；分子标记揭示来自DNA的变异；表现为中性，不影响目标性状的表达，与不良性状无连锁；检测手段简单、迅速。随着分子生物学技术的发展，DNA分子标记技术已有数十种，广泛应用于遗传育种、基因组作图、基因定位、物种亲缘关系鉴别、基因库构建、基因克隆等方面。 理想要求
理想的分子标记必须达以下几个要求：⑴ 具有高的多态性；⑵ 共显性遗传，即利用分子标记可鉴别二倍体中杂合和纯合基因型；⑶ 能明确辨别等位基因；⑷ 遍布整个基因组；⑸ 除特殊位点的标记外，要求分子标记均匀分布于整个基因组；⑹ 选择中性（即无基因多效性）；⑺ 检测手段简单、快速（如实验程序易自动化）；⑻ 开发成本和使用成本尽量低廉；⑼ 在实验室内和实验室间重复性好（便于数据交换）。但是，发现的任何一种分子标记均通过电泳分离不同的生物 DNA 分子，然后用经标记的特异 DNA 探针与之进行杂交，通过放射自显影或非同位素显色技术来揭示 DNA 的多态性。