黄毛鼠在世界范围内分布于老挝、柬埔寨、泰国、马来西亚、越南以及中国。[7]在中国主要分布在海岛及沿海地区,[8]广泛分布于长江流域以南,[4]在西藏南部和甘肃南部亦有分布。[5][9]在中国有三个亚种。指名亚种(R. l. losea)分布于台湾淡水区;华南亚种(R. l. exiguus)分布于福建、广东、海南、浙江、江西、安徽、湖南、贵州;云南亚种(R. l. celsus)分布于云南、四川、贵州。[4]黄毛鼠喜近水而生,还要求植被的覆盖度和高度较低。[10]其栖息地的类型较为广泛,但以作物区为主。多栖息在稻田、甘薯地、香蕉地、甘蔗地、菜园。此外,茅草坡、堤岸、灌丛也有其活动和栖居。[5]