1802年,法国动物学家弗朗索瓦·玛丽·多丹(François Marie Daudin,1776)将变色树蜥分类为飞蜥属(Agama),并命名为Agama versicolor,并由美国动物学家理查德·哈伦(Richard Harlan,1796)在1825年将其改名为Agama vultuosa。法国生物 学家维克多·雅克蒙特(Victor Jacquemont, 1801)将其重新分类为树蜥属(Calotes)并更名为Calotes cristatus。1827年,印度生物学家约翰·爱德华·格雷( John Edward Gray,1800)将变色树蜥归类为鬣蜥属(Agama),并将其命名为Agama indica,到1846年印度生物学家约翰·爱德华·格雷( John Edward Gray,1800)将该物种重新命名为Calotes viridis。[1]另外,变色树蜥存在两个亚种,分别是Calotes versicolor farooqi、Calotes versicolor versicolor。[2]