最早对南岛语系进行研究的是荷兰学者莱兰特(Hadrian Reland),在1706年,他提出马达加斯加与东印度群岛及科科斯岛的语言是相近的。1800年,西班牙学者班杜罗(Lorenzo Panduro)出版了《语言目录》,论证马来语和波利尼西亚语之间的发生学关系,真正系统地建立起“马来-波利尼西亚语系假说”。1838年,德国哲学家和语言学家洪堡(Friedrich Wilhelm von Humboldt)首次使用科学的证据,在《论爪哇岛上的卡维语》一书中仔细研究了马来半岛和波利尼西亚一带9种语言的词汇表,并首次把这些语言置于“马来-波利尼西亚语系”之下。1899年,德国学者施密特(Wilhelm Schmidt)在他的文章中采用南岛语(Austronesian)这个词取代了“马来-波利尼西亚语”,他还按地域将南岛语系分为4组,即印度尼西亚语、波利尼西亚语、美拉尼西亚语和密克罗尼西亚语。2000年,格兰姆斯(Barbara F.Grimes)编辑的《文化人类学视角的世界诸语言》把南岛语系分为两大次语系,即台湾南岛语和马来-波利尼西亚语,前者包括23种语言,后者则有1239种语言。至2009年,《文化人类学视角的世界诸语言》把南岛语系的语言增加到1257种,原台湾南岛语言的17种以及婆罗语群的139种被分拆为多个新语族,并提升至与马来-波利尼西亚语同等的地位。该书现把南岛语系分为泰雅、卑南、东台湾南岛、马来-波利尼西亚四个语群。[1]